Sezóna | Soutěž | Kolo | Soupeř | Skóre | Branky |
1986/87 | Pohár UEFA | 1. kolo | IFK Göteborg | 1:5 (1:1, 0:4) | Miroslav Mlejnek |
1991/92 | Pohár UEFA | 1. kolo | Bangor FC | 6:0 (3:0, 3:0) | Radek Šindelář, Milan Kerbr, Radoslav Látal, Michal Gottwald |
2. kolo | FK Torpedo Moskva | 2:0 (2:0, 0:0) | Radek Šindelář, Jan Maroši |
3. kolo | Hamburger SV | 6:2 (2:1, 4:1) | Pavel Hapal, Radoslav Látal, Milan Kerbr, Roman Hanus |
Čtvrtfinále | Real Madrid | 1:2 (1:1, 0:1) | Pavel Hapal |
1992/93 | Pohár UEFA | 1. kolo | FC Universitatea Craiova | 3:1 (1:0, 2:1) | Milan Kerbr, Tomáš Čapka |
2. kolo | Fenerbahçe SK | 7:2 (0:1, 7:1) | Roman Hanus, Milan Kerbr, Jiří Barbořík, Jan Maroši, Robert Fiala, Jiří Vaďura |
3. kolo | Juventus FC | 1:7 (1:2, 0:5) | Jan Maroši |
1996/97 | Pohár UEFA | 1. kolo | Hutnik Krakov | 2:3 (1:0, 1:3) | Miroslav Baranek, Michal Kovář |
1998/99 | Pohár UEFA | 1. kolo | Kilmarnock FC | 4:0 (2:0, 2:0) | Jiří Krohmer, Radim König, Marek Heinz, Josef Mucha |
2. kolo | Olympique de Marseille | 2:6 (2:2, 0:4) | Marek Heinz |
1999/00 | Pohár UEFA | 1. kolo | FC Sheriff Tiraspol | 1:1 (1:1, 0:0) | Radoslav Kováč |
2. kolo | RCD Mallorca | 1:3 (1:3, 0:0) | David Kobylík |
2000 | Pohár Intertoto | 1. kolo | Araks Ararat FC | 3:1 (2:1, 1:0) | Stanislav Vlček |
2. kolo | PFK Velbažd Kjustendil | 8:2 (0:2, 8:0) | Stanislav Vlček, Michal Kovář |
3. kolo | NK Slaven Belupo | 3:1 (1:1, 2:0) | Luděk Zdráhal, Pavel Hapal |
Semifinále | FK Chmel Blšany | 3:1 (3:1, 0:0) | Pavel Hapal, Stanislav Vlček, Josef Mucha |
Finále | Udinese Calcio | 4:6 (2:2, 2:4 pp) | Josef Mucha, Michal Kovář, Pavel Hapal |
2001/02 | Pohár UEFA | 1. kolo | Celta de Vigo | 4:7 (0:4, 4:3) | Josef Mucha, Patrik Siegl, David Kotrys |
2002/03 | Pohár UEFA | 1. kolo | FK Sarajevo | 3:3 (2:1, 1:2 - 3:5 pk) | Pavel Putík, Paschal Ekwueme |
2004/05 | Pohár UEFA | 1. kolo | FC Nistru Otaci | 6:1 (2:1, 4:0) | Martin Vyskočil, Martin Hudec, Peter Babnič, Radim Kučera, Aleš Bednář |
2. kolo | Real Zaragoza | 2:4 (0:1, 2:3) | Martin Hudec, David Kobylík |
2005 | Pohár Intertoto | 2. kolo | Pogoń Szczecin | 1:0 (1:0, 0:0) | Peter Babnič |
3. kolo | Borussia Dortmund | 1:1 (1:1, 0:0) | Jan Koller (vlastní) |
Semifinále | Hamburger SV | 0:4 (0:1, 0:3) | — |
2009/10 | Evropská liga UEFA | 2. předkolo | Fram Reykjavík | 3:1 (1:1, 2:0) | Daniel Silva Rossi, Michal Hubník, Rudolf Otepka |
3. předkolo | Aberdeen FC | 8:1 (5:1, 3:0) | Michal Hubník, Lukáš Bajer, Jakub Petr, Michal Ordoš, Tomáš Hořava, Tomáš Janotka, Marek Kaščák |
4. předkolo | Everton FC | 1:5 (0:4, 1:1) | Pavel Šultes |
2012/13 | Evropská liga UEFA | 3. předkolo | Kvůli údajné korupci klub UEFA potrestala zákazem startu a v předkole nakonec tedy nestartoval. |
2018/19 | Evropská liga UEFA | 3. předkolo | FK Kajrat Almaty | 4:1 (2:0, 2:1) | Martin Sladký, Václav Pilař, Martin Nešpor, David Houska |
4. předkolo | Sevilla FC | 0:4 (0:1, 0:3) | — |