Helsingin seurakuntayhtymä (ruots. Helsingfors kyrkliga samfällighet, brändinimeltään Kirkko Helsingissä) on Helsingin alueen evankelis-luterilaisten seurakuntien muodostama yhtymä, johon kuuluu 16 suomenkielistä ja kolme ruotsinkielistä seurakuntaa.[2] Helsingissä sijaitsevat ja valtakunnallisesti toimivat Olaus Petri församling ja Suomen saksalainen seurakunta eivät kuulu Helsingin seurakuntayhtymään.
Seurakuntayhtymän toimipaikka Seurakuntien talo sijaitsee Kalliossa Kolmannella linjalla ja siellä sijaitsevat mm. keskusrekisteri, hallinto- ja taloustoimisto, viestintä, kiinteistötoimisto ja yhteinen seurakuntatyö.
Vuoden 2023 lopussa helsinkiläisistä 46,0 prosenttia kuului Suomen evankelis-luterilaiseen kirkkoon. Helsingin seurakuntayhtymän jäsenmäärä oli tuolloin 310 515. Sekä jäsenosuus että jäsenten määrä ovat olleet viime vuosina selvässä laskussa.[1]
Seurakuntayhtymään eivät hallinnollisesti kuulu evankelis-luterilaisen kirkon sisällä toimivan Suomen Luterilaisen Evankeliumiyhdistyksen Helsingissä käyttämät Luther-kirkko ja Pyhän Sydämen kappeli.
Johannes församling (perustettiin 2009 yhdistämällä Meilahdessa ja Töölössä toiminut Tomas församling, Keski-Helsingissä toiminut Norra svenska församlingen ja Etelä-Helsingissä sekä Lauttasaaressa toiminut Södra svenska församlingen)