Nas classificações secundárias impuseram-se Tony Martin (montanha), Sylvain Chavanel (pontos), Kevin Seeldrayers (jovens) e Saxo Bank (equipas).
Um dos grandes dominadores da prova foi Alberto Contador que ganhou duas etapas: o prólogo e uma das etapas montanhosas; e ademais foi segundo na etapa final. No entanto, sofreu um desfalecimento na sexta etapa que lhe relegou finalmente a quarta posição.[1]
Equipas participantes
Tomaram parte na corrida 20 equipas: 17 de categoria UCI ProTour (todos excepto a Footon-Servetto); mais 3 de categoria Profissional Continental (Agritubel, Cervélo Test Team e Skil-Shimano). Formando assim um pelotão de 160 ciclistas, com 8 corredores a cada equipa (excepto o Team Columbia-HTC que saiu com 7),[2] dos que acabaram 95; ainda que só 92 deles acabaram a última etapa dentro do "controle".[3] As equipas participantes foram:[2]
A Paris-Nice de 2009 constou de oito etapas, repartidas num prólogo individual, duas etapas planas, três em media montanha e duas etapas de montanha para um percurso total de 1252 quilómetros.