SYNM |
---|
|
Ідентифікатори |
---|
Символи | SYNM, DMN, SYN, synemin |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 606087 MGI: 2661187 HomoloGene: 9081 GeneCards: SYNM |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • vinculin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • structural molecule activity • intermediate filament binding • structural constituent of cytoskeleton • structural constituent of muscle |
---|
Клітинна компонента | • цитоплазма • міжклітинні контакти • costamere • мембрана • цитоскелет • Проміжні філаменти • Адгезивні контакти • neurofilament cytoskeleton • Сарколема |
---|
Біологічний процес | • intermediate filament cytoskeleton organization • fast-twitch skeletal muscle fiber contraction |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | | NM_183312 NM_201639 NM_207663 |
|
---|
RefSeq (білок) | | | NP_899135 NP_964001 NP_997546 |
|
---|
Локус (UCSC) | Хр. 15: 99.1 – 99.14 Mb | Хр. 7: 67.38 – 67.41 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
SYNM (англ. Synemin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 15-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 565 амінокислот, а молекулярна маса — 172 768[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MLSWRLQTGP | | EKAELQELNA | | RLYDYVCRVR | | ELERENLLLE | | EELRGRRGRE |
GLWAEGQARC | | AEEARSLRQQ | | LDELSWATAL | | AEGERDALRR | | ELRELQRLDA |
EERAARGRLD | | AELGAQQREL | | QEALGARAAL | | EALLGRLQAE | | RRGLDAAHER |
DVRELRARAA | | SLTMHFRARA | | TGPAAPPPRL | | REVHDSYALL | | VAESWRETVQ |
LYEDEVRELE | | EALRRGQESR | | LQAEEETRLC | | AQEAEALRRE | | ALGLEQLRAR |
LEDALLRMRE | | EYGIQAEERQ | | RAIDCLEDEK | | ATLTLAMADW | | LRDYQDLLQV |
KTGLSLEVAT | | YRALLEGESN | | PEIVIWAEHV | | ENMPSEFRNK | | SYHYTDSLLQ |
RENERNLFSR | | QKAPLASFNH | | SSALYSNLSG | | HRGSQTGTSI | | GGDARRGFLG |
SGYSSSATTQ | | QENSYGKAVS | | SQTNVRTFSP | | TYGLLRNTEA | | QVKTFPDRPK |
AGDTREVPVY | | IGEDSTIARE | | SYRDRRDKVA | | AGASESTRSN | | ERTVILGKKT |
EVKATREQER | | NRPETIRTKP | | EEKMFDSKEK | | ASEERNLRWE | | ELTKLDKEAR |
QRESQQMKEK | | AKEKDSPKEK | | SVREREVPIS | | LEVSQDRRAE | | VSPKGLQTPV |
KDAGGGTGRE | | AEARELRFRL | | GTSDATGSLQ | | GDSMTETVAE | | NIVTSILKQF |
TQSPETEASA | | DSFPDTKVTY | | VDRKELPGER | | KTKTEIVVES | | KLTEDVDVSD |
EAGLDYLLSK | | DIKEVGLKGK | | SAEQMIGDII | | NLGLKGREGR | | AKVVNVEIVE |
EPVSYVSGEK | | PEEFSVPFKV | | EEVEDVSPGP | | WGLVKEEEGY | | GESDVTFSVN |
QHRRTKQPQE | | NTTHVEEVTE | | AGDSEGEQSY | | FVSTPDEHPG | | GHDRDDGSVY |
GQIHIEEEST | | IRYSWQDEIV | | QGTRRRTQKD | | GAVGEKVVKP | | LDVPAPSLEG |
DLGSTHWKEQ | | ARSGEFHAEP | | TVIEKEIKIP | | HEFHTSMKGI | | SSKEPRQQLV |
EVIGQLEETL | | PERMREELSA | | LTREGQGGPG | | SVSVDVKKVQ | | GAGGSSVTLV |
AEVNVSQTVD | | ADRLDLEELS | | KDEASEMEKA | | VESVVRESLS | | RQRSPAPGSP |
DEEGGAEAPA | | AGIRFRRWAT | | RELYIPSGES | | EVAGGASHSS | | GQRTPQGPVS |
ATVEVSSPTG | | FAQSQVLEDV | | SQAARHIKLG | | PSEVWRTERM | | SYEGPTAEVV |
EVSAGGDLSQ | | AASPTGASRS | | VRHVTLGPGQ | | SPLSREVIFL | | GPAPACPEAW |
GSPEPGPAES | | SADMDGSGRH | | STFGCRQFHA | | EKEIIFQGPI | | SAAGKVGDYF |
ATEESVGTQT | | SVRQLQLGPK | | EGFSGQIQFT | | APLSDKVELG | | VIGDSVHMEG |
LPGSSTSIRH | | ISIGPQRHQT | | TQQIVYHGLV | | PQLGESGDSE | | STVHGEGSAD |
VHQATHSHTS | | GRQTVMTEKS | | TFQSVVSESP | | QEDSAGDTSG | | AEMTSGVSRS |
FRHIRLGPTE | | TETSEHIAIR | | GPVSRTFVLA | | GSADSPELGK | | LADSSRTLRH |
IAPGPKETSF | | TFQMDVSNVE | | AIRSRTQEAG | | ALGVSDRGSW | | RDADSRNDQA |
VGVSFKASAG | | EGDQAHREQG | | KEQAMFDKKV | | QLQRMVDQRS | | VISDEKKVAL |
LYLDNEEEEN | | DGHWF |
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, клітинних контактах, проміжних філаментах.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Bhosle R.C., Michele D.E., Campbell K.P., Li Z., Robson R.M. (2006). Interactions of intermediate filament protein synemin with dystrophin and utrophin. Biochem. Biophys. Res. Commun. 346: 768—777. PMID 16777071 DOI:10.1016/j.bbrc.2006.05.192
- Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Human alpha-synemin interacts directly with vinculin and metavinculin. Biochem. J. 409: 657—667. PMID 18028034 DOI:10.1042/BJ20071188
- Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Identification of a repeated domain within mammalian alpha-synemin that interacts directly with talin. Exp. Cell Res. 314: 1839—1849. PMID 18342854 DOI:10.1016/j.yexcr.2008.01.034
- Mizuno Y., Puca A.A., O'Brien K.F., Beggs A.H., Kunkel L.M. (2001). Genomic organization and single-nucleotide polymorphism map of desmuslin, a novel intermediate filament protein on chromosome 15q26.3. BMC Genet. 2: 8—8. PMID 11454237 DOI:10.1186/1471-2156-2-8
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24466 (англ.) . Архів оригіналу за 28 травня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
- ↑ UniProt, O15061 (англ.) . Архів оригіналу за 15 червня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
Людські | Мікрофіламенти та актин-зв'язуючі білки | Міофіламенти | Актин | |
---|
Міозин | - I
- II
- III
- V
- VI
- VII
- IX
- X
- XV
- XVIII
- Легкий ланцюг міозину
|
---|
Інші | |
---|
|
---|
Інші | |
---|
|
---|
Проміжні філаменти | Тип 1/2 (Кератин, Цитокератин) | Епітеліальні кератини (м'які альфа-кератини) | - тип I/хромосома 17
- хромосома 12
- інші
|
---|
Кератини волосся (жорсткі альфа-кератини) | |
---|
Незгруповані альфа | |
---|
Не-альфа | |
---|
|
---|
Тип 3 | |
---|
Тип 4 | - Інтернексин
- Нестин
- Нейрофіламент
- Синемін
- Синкоїлін
|
---|
Тип 5 | |
---|
|
---|
Мікротрубочки та пов'язані білки | |
---|
Катеніни | |
---|
Мембранні | |
---|
Інші | |
---|
|
---|
Нелюдські | |
---|